O funcionário precisa concordar com a supressão das horas extras?

Via de regra, não há necessidade da concordância do empregado, a não ser nas situações abaixo, previstas na cláusula 14ª da convenção coletiva da categoria:

"Parágrafo Primeiro: A supressão de horas extras dos empregados que percebam horas suplementares, habitualmente, há mais de 15 (quinze) anos, fica condicionada a concordância do empregado."

As horas extras suprimidas têm que ser indenizadas? Caso positivo, como procedo ao pagamento desta indenização?

A supressão de horas extras implica no pagamento de uma indenização, conforme dispõe o enunciado 291 do TST.

A indenização corresponderá ao equivalente a um mês de horas extraordinárias suprimidas para cada ano ou fração igual ou superior a seis meses de prestação de serviço extraordinário. O cálculo deverá ser efetuado observando-se a média das horas suplementares efetivamente trabalhadas nos últimos doze meses, multiplicada pelo valor da hora extra do dia da supressão.